تأسست مديرية رقابة الأمراض عام
1993 وكانت قبل ذلك تعتبر قسم لرصد الأمراض السارية ضمن مديرية الرعاية الصحية
الأولية.وتضم المديرية حاليا الأقسام التالية:
1.
قسم الرصد الوبائي ويتبع له شعبة ضبط العدوى
2.
قسم الامرض غير السارية ويتبع له شعبة الأمراض الوراثية والخلقية
3.
قسم الأمراض المشتركة ويتبع له شعبة مكافحة الاسهالات والكوليرا
4.
قسم التطعيم ويتبع له شعبة الأمصال والمطاعيم
5.
قسم الملاريا والبلهارسيا
6.
قسم الأمراض المنقولة جنسيا
7.
شعبة الوبائيات التطبيقية